Istoria fotbaului botoșănean începe înainte de Al Doilea Război Mondial, una dintre echipele reprezentative ale vremii fiind Venus. 

În 1949, pe lângă Fabrica de Textile din Botoșani este înființată Asociația Sportivă Flamura Roșie. Echipa cu acelașii nume joacă în campionatul raional și în cel regional de fotbal.

În anul 1957 echipa purta numele Textila. Promovează în Divizia C unde joacă două sezoane.

După ce retrogradează în anul 1959, în sezonul 1963-1964 echipa revine în Divizia C, purtând numele Unirea. Apoi, după o serie de retrogradări și promovări succesive, în anul 1973 este adoptat numele C.S. Botoșani.

După ce în sezonul 1974-1975 obține locul 1 în Divizia C, echipa promoveaza pentru prima oară în Divizia B.

La promovarea în Divizia B componența lotului echipei CS Botoșani era: Cotopoulos, Tomiță, Cucuveică, Ciobanu, Apostol, Manastire, Andries, Chiru, Macovei, Sofran, Mihăilescu, Porozan, Bălan, Babeti, Popescu, Tudor, Ciobanu, Perdevară, Roman, Damian, I. Popescu, Huțan, Costia, Haciu, Boboc, Văculițeanu, Ionescu, Tâmpea, Frâncu, Popa, Negoiță, Rusu, Zane, Șerbănică, V. Ion, Roca, Geambașu. Echipa era antrenată de Silviu Avram.

foto: – randul de sus, de la stanga la dreapta: Dobrin (antr. princ.), Moldovanu, Jean Ciobanu, Sofran, Ene, Vasiliu, Zaharia, Nicoara, Cucu, Iovu, Gruia, Fane Cretu (antr. sec.)

– randul de jos, de la stanga la dreapta: Polifronie, Epure, Ciuca, Erdic, Rotarescu, N. Abalasei, Otto Watzlawek, Croitoru.

„Unsprezecele” de baza era urmatorul:

Bordeianu – Trandafir, Bozi, Tomiță, Epure – Tica, Șofran, Dumitru – Trohanel, Luca, Macovei.

Fenomenul Dobrin

După două reveniri de câte un an în Divizia Secundă, urmează o a treia promovare (după sezonul 1978 – 1979) și o serie cu evoluții bune. Între cele 11 sezoane petrecute în Divizia B, sezonul 1985 – 1986 se remarcă prin venirea lui Nicolae Dobrin, în calitate de antrenor-jucător, o perioadă în care suporterii erau fermecați de jucătorul maestru în dribling-uri, fente, pase și lovituri libere.

La venirea lui Dobrin, la primul antrenament, au participat aproximativ 6000 de spectatori și apoi, în mod curent veneau la fiecare antrenament 3000-4000 de spectatori. Meciurile se desfășurau cu stadionul plin, Nicolae Dobrin fiind deosebit de iubit. A locuit în camera 101 de la Hotel Rapsodia din Municipiul Botoșani.

După sezonul 1989-1990 echipa retrogradează în Divizia C, iar în 1993 încetează să mai existe, ca urmare a dificultăților economice ale vremii.

O altă echipă botoșăneană, Unirea, apare pentru o perioadă scurtă (1998-2000) și apoi se desființează după vânzarea locului către echipa Poli Iași. În cei doi ani, Unirea a jucat o optime de finală în Cupa României cu Gloria Bistrița, meci câștigat de bistrițeni pe „Municipal” cu 2-1.

18 august  2001, primul meci oficial al FC Botoșani

În 2001 ia ființă FC Botoșani. Primul meci oficial din istoria FC Botoșani datează din 18 august 2001, „roș-alb-albaștrii” impunându-se cu 5-0 pe terenul formației Unirea Negrești într-un meci disputat la nivelul celui de-al treilea eșalon fotbalistic al țării, marcatorii fiind Bâlbă ( 5,16), Colban (40), Asaftei (46) și Pânzariu ( 68).

La prima participare din istoire în Divizia C, Seria I, (sezonul 2001 – 2002), FC Botoșani se claseză pe locul 2. Următorul sezon, (2002-2003) FC Botoșani se clasează pe locul 6, iar în sezonul 2003-2004 clubul reușește să promoveze în Divizia B după ce a depășit cu un singur punct în clasament echipa FCM Bacău II.

În primul sezon în Divizia B (2004-2005) echipa a terminat pe locul 8, în sezonul următor (2005-2006) pe locul 4, iar în al treilea (2006-2007) echipa a terminat pe locul 11. În sezonul 2007-2008 al Diviziei B, FC Botoșani a terminat pe locul 9, după care a urmat o clasare pe locul 5 în sezonul 2008-2009. Sezonul 2009-2010 al ligii secunde a adus o clasare a echipei pe locul 10. În următoarea ediție a Diviziei B (2010-2011), FC Botoșani se clasează pe locul 7, urmând a-și continua ascensiunea cu un loc 5 obținut la finele sezonului 2011-2012.

Promovarea în Liga 1 vine în 2013           

        

Foto de la promovarea în Liga 1

Sezonul 2012-2013 al Diviziei B este și cel la finalul căruia s-a consemnat promovarea în premieră în istoria fotbalului botoșănean a echipei de fotbal în elita fotbalului românesc, FC Botoșani terminând campionatul Seriei I pe primul loc cu 53 de puncte, la o distanță de 7 puncte de a doua clasată, Săgeata Năvodari, și la 11 puncte de Delta Tuclea, formație care a întregit podiumul.  

Jumătate din cei 23 de ani de existență, FC Botoșani a evoluat în SuperLigă, în acest sezon (2024-2025) luând startul în cel de-al 12-lea sezon consecutiv în elita fotbalului românesc. În tot acest timp, FC Botoșani și-a trecut în palmares două participări în Cupele Europene şi două participări în play-off-ul SuperLigii.

Primele două sezoane în Liga 1 a adus FC Botoșani o clasare pe același loc, respectiv 8. În sezonul 2013-2014, echipa a terminat cu 43 de puncte, iar în sezonul 2014-2015 a acumulat 47 de puncte.

Acesta este și sezonul care aduce prima participare a echipei din istorie în Cupele Europene. Deoarece echipele mai bine clasate CFR Cluj, Petrolul Ploiești și FC Dinamo București erau în insolvență, iar CSU Craiova era afiliată de mai puțin de trei ani, lui FC Botoșani i-a revenit dreptul de reprezentare a Ligii I în UEFA Europa League în sezonul următor. În prima dublă manșă (turul 2 preliminar), a învins cu scorul general de 4-2 (1-1 pe teren propriu și 3-1 în deplasare) echipa georgiană FC Spartaki Țhinvali, calificându-se pentru turul următor, unde a întâlnit Legia Varșovia. Cu echipa poloneză, scorul la general a fost 0-4 (0-1 la Varșovia și 0-3 pe Municipal).

Foto meci FC Botoșani – Legia Varșovia din turul II al Europa League (22.07.2015)

Din sezonul (2015-2016), SuperLiga își schimbă formatul, trecându-se la un campionat cu sistem play-off (participă primele 6 clasate la finalul regularului) și play-out (participă ultimele 8 clasate la finalul regularului). Echipa termină regularul pe locul 10 cu 26 de puncte, iar play-out-ul pe locul 3 cu 38 de puncte. 

Urmează sezonul 2016-2017, în care FC Botoșani se clasează pe locul 8 la finalul „regularului” cu 32 de puncte, pentru ca în play-out să se claseze pe locul 4 cu 33 de puncte. Sezonul următor (2017-2018), echipa termină regularul pe locul 7 cu 39 de puncte, și play-out-ul pe locul 2 cu 40 de puncte. În sezonul 2018-2019, FC Botoșani termină regularul tot pe locul 7 cu 36 de puncte, clasându-se în play-aut pe locul 2 cu 44 de puncte.

Sezonul 2019-2020 aduce FC Botoșani și prima participare în play-off. Echipa termină regularul pe locul 3 cu 45 de puncte și se clasează pe locul 4 în „top 6” cu 32 de puncte, obținând astfel cea de-a doua participare în UEFA Europa League după 5 ani de la ultima prezență în Europa. A fost victorie în prima rundă de calificare după 2-1 în Kazahstan pe terenul lui Ordabasy, după care a venit eliminarea suferită în a doua rundă în fața celor de la Shkëndija din Macedonia de Nord după o înfrângere cu 1-0 pe „Municipal”.  

Foto cu echipa de start în meciul cu FC Ordabasy din primul tur al Europa League. (27.08.2020)

În sezonul 2020-2021 FC Botoșani reușește să acceadă pentru a doua oară consecutiv în play-off-ul Ligii 1 terminând regularul pe locul 6 cu 42 de puncte, clasându-se în „top 6” pe locul 6 cu 31 puncte.

A urmat sezonul 2020-2021 în care FC Botoșani a fost aproape de o nouă participare în play-off, terinând regularul pe locul 7 cu 46 de puncte, la o lungime de FC Voluntari, ultima calificată în „top 6”. În play-out, „roș-alb-albaștrii” se clasează pe locul 3 cu 41 puncte.

În sezonul 2022-2023 al SuperLigii, FC Botoșani încheie regularul pe locul 11 cu 32 de puncte, terminând play-out-ul pe locul 5 cu 31 puncte. 

Urmează sezonul 2023-2024, unul în care FC Botoșani are un parcurs de coșmar în regular, terminând pe locul 16 cu 21 de puncte. Echipa reușește însă un play-out foarte bun, terminând pe locul 8 cu 25 de puncte, acumulând punctele necesare care să-i permită prezența la barajul pentru evitarea retrogradării. La baraj, FC Botoșani trece fără emoție cu un simetric 1-0 atât acasă cât și în deplasare de CS Mioveni și reșește astfel menținerea în elita fotbalului românesc în care în acest sezon (2024-2025) a luat startul pentru al 12-lea sezon consecutiv.

FC Botoșani este singurul club din județul Botoșani care a jucat de-a lungul istoriei în primul eșalon al fotbalului românesc.