Academia FC Botoșani se află în primele 24 de Academii din țară și are legitimați 400 de juniori la toate categoriile de vârstă, care evoluează în competițiile naționale masculine dar și feminine.

FC Botoșani se mândrește cu reprezentante în competițiile masculine atât în Liga de Tineret cât și în Liga Elitelor (U17, U16, U15, U14, U13), dar și echipe care evoluează în Campionatul Național de Juniori destinat categoriilor U10, U11 și U12.

La FC Botoșani viitorii fotbaliști pot fi educați într-un mediu sănătos, anterior trecerii spre lumea profesionistă a fotbalului.

În atenție FC Botoșani se mai află încă 400 de copii care sunt monitorizați de antrenorii și socuterii echipei noastre, ei fiind legitimați la cluburilie cu care FC Botoșani are contracte de colaborare. Dintre acestea enumerăm Liceul cu Program Sportiv (LPS) Botoșani, Clubul Sportiv Școlar (CSȘ) Botoșani, Juniorul Botoșani, Artis Botoșani, ACS Profy FCI Botoșani și Juniorul Dorohoi. 

De asemenea FC Botoșani se află într-o strânsă colaborare cu echipele din Seria I a Ligii a III-a (Gloria Ultra, Șomuz Fălticeni, Ceahlăul Piatra Neamț, CSM Focșani) către care împrumută juniorii cu potențial ridicat de dezvoltare pentru a face pasul cât mai repede către elita fotbalului românesc. 

De notat ar fi că aria de selecție a FC Botoșani a fost extinsă datorită scouterilor Academiei către județele limitrofe, transferând jucători de la Bucovina Rădăuți, Juniorul Suceava, FC Bacău, Poli Iași, LSP Iași.